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恢复身体的工藤新一和宫野志保，决定以全新的身份更深入地对抗黑暗势力。他们商议后，认为加入警视厅重案三组是个绝佳的途径，既能借助警方资源调查黑衣组织，又能打击各类犯罪，维护社会正义。
两人来到警视厅，径直找到了目暮警官。目暮警官看到高大帅气的工藤新一和冷艳聪慧的宫野志保站在面前，惊讶得合不拢嘴。
“你们……你们怎么……”目暮警官结结巴巴地说。
工藤新一笑着解释道：“目暮警官，说来话长，总之我们现在恢复正常了，而且希望能加入警视厅，特别是重案三组，为打击犯罪出一份力。”
宫野志保也点头补充：“我和新一在很多案件中积累了丰富的经验，相信能为重案三组带来帮助。”
目暮警官思索片刻，深知两人的能力，很快便答应了他们的请求，并亲自带他们来到重案三组的办公室。
“各位，给大家介绍两位新同事，工藤新一和宫野志保，以后他们就和我们一起并肩作战了。”目暮警官说道。
重案三组的成员们纷纷投来好奇和欢迎的目光。一位年轻的警员走上前，热情地说：“欢迎啊，早就听闻工藤新一的大名，以后还请多多指教。”
工藤新一连忙摆手：“指教不敢当，大家一起学习，共同进步。”
宫野志保则微微点头示意，她敏锐的目光扫视着办公室，似乎在熟悉这里的环境。
很快，他们就迎来了加入重案三组后的第一起案件。在米花市中心的一家高级酒店，发生了一起离奇的谋杀案。死者是一位知名企业的高管，死在自己的房间里，现场没有明显的打斗痕迹，但财物却没有丢失。
工藤新一和宫野志保跟着重案三组迅速赶到现场。新一立即开始仔细勘查，他蹲下身子，查看死者周围的蛛丝马迹，发现死者的手指似乎在临死前写下了什么，可惜被凶手涂抹得看不清了。
宫野志保则在一旁检查死者的随身物品，她在死者的手机里发现了一些加密的信息，似乎和案件有着重要的关联。
“看这这个案件不简单，凶手很谨慎，没有留下太多明显的线索。”工藤新一说道。
宫野志保点头表示同意：“手机里的加密信息或许是关键，我试着破解一下。”
回到警视厅，宫野志保凭借自己出色的计算机技术，很快破解了手机里的加密信息。信息显示，死者所在的企业正在进行一场激烈的商业竞争，而死者掌握了一些对竞争对手不利的证据。
工藤新一根据这条线索，和重案三组的同事们展开深入调查，他们走访了死者的公司、竞争对手以及相关人员。
在调查过程中，工藤新一敏锐地察觉到一位竞争对手的秘书行为异常。每次询问时，他总是眼神闪躲，回答问题也含糊其辞。
工藤新一和宫野志保决定对这位秘书进行重点监视。经过几天的跟踪，他们发现秘书在一个深夜和一个神秘人见面，两人似乎在交易着什么。
工藤新一和同事们抓住时机，一举将两人抓获。经过审讯，秘书承认是受竞争对手指使，杀害了死者，企图销毁那些不利的证据。
这起案件的成功侦破，让重案三组的成员们对工藤新一和宫野志保的能力刮目相看。而工藤新一和宫野志保也深知，在警视厅的工作将会面临更多的挑战，但他们坚信，凭借自己的智慧和勇气，一定能在对抗犯罪的道路上走得更远，同时也为揭开黑衣组织的真面目迈出坚实的步伐。
