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第三新东京市的黑暗并没有一直持续下去，路灯逐渐亮起，照亮空旷的街道。在山坡上等待许久的真嗣和明日香终于被接回了NERV总部，至于那短暂的暧昧，真嗣表示那都是意外情况。
困在电梯里的美里在膀胱爆炸之前被救了出来，总算是没有真的出丑。她也庆幸着自己不在的时候没有出什么大问题，不然自己的位子就坐不下去了。
“那个，我还是有些不舒服，我先去医务室看看。”见到绫波在指挥大厅中等真嗣，明日香神情有些不自然地跑开了。
绫波露出一个耐人寻味的笑容，鼻子凑到真嗣身边嗅了嗅。
真嗣不由得心里一慌：“啊，怎么了？”
“回家再说——碇司令在等你了。”
跟着绫波一路来到了司令办公室，律子和美里正从门内走了出来。
“当时他可是和我在一起啊——哦，是真嗣啊。”美里打了个招呼，挤出一个微笑。
一想到这次要和碇源堂摊牌了，真嗣内心还是有些激动的，也就没心情多和美里说笑，点点头就开门进去了。
“他居然会那么严肃，真是少见啊。”美里自言自语道，“而且还主动来找司令，不可思议。”
律子也很是吃惊，以这对父子的关系来说，真嗣不选择逃避而是直面碇司令，的确出人意料：“希望他们不会吵起来吧。”
此时的司令办公室内，只有真嗣、绫波和办公桌后的碇源堂。在白天灯火通明，在晚上则只有几盏昏暗的小灯，也算是碇源堂的个人风格了。
“她怎么也进来了？”碇源堂看向跟在真嗣后面的绫波。
“不碍事。”真嗣拉住绫波的小手，“反正我要说的事没必要瞒着她，还是说——你心虚了？”
“……”碇源堂的眼镜反射着白光，“那好吧。现在说说你的事吧。”
真嗣没有马上开始自己的讲述，而是问道：“还是先聊聊妈妈的事吧，E计划之前的负责人应该就是她吧？”
碇源堂没有感到意外：“原来你记得那些事啊——不错，唯是E计划的第一任负责人，初号机也是在那时建造的。不过在初号机的启动实验中，她发生了意外，消失在了插入栓中。”
“你们没有组织救援吗？”
“呵。”碇源堂惨然一笑，“当然有，不过打捞行动失败了，她再也没有回来。我们都以为她永远消失了，直到你给我打了那通电话。”
真嗣点点头，目前为止的情报和他的记忆基本吻合：“绫波的出现也和这有关吧。”
碇源堂推了推鼻梁上的眼镜：“哦？你连这个也猜到了？”
真嗣身旁的绫波也惊讶地看向他，她很清楚地记得自己并没有告诉真嗣有关自己来历的事。她很害怕当真嗣知道真相的时候，会接受不了这些，不过现在看来已经没有隐瞒的必要了。
真嗣转头看了看有些紧张的绫波，用眼神传达着自己的心意，同时说道：“虽然记忆已经很模糊了，但是妈妈的脸我还是有些印象的——和绫波实在是太像了，连她之前的发型都很像，就像是一个模子刻出来的。”
“碇……”绫波的眼角闪动着异样的光芒。
“你需不需要解释一下这些呢？”真嗣看向碇源堂，眼中隐隐冒出怒火。绫波的悲剧可以说相当大一部分原因出自碇源堂，甚至她的诞生都是碇源堂在一手主导。
“你好像很愤怒。”碇源堂站起身来，从办公桌后走了出来，“但是我的话说的差不多了，现在该你了吧。”
真嗣深吸一口气：“那是对战第八使徒的时候，当时在岩浆底下，二号机已经撤退，我心里只有一个想法，就是打败使徒。然后不知怎么的，我就好像是进入了一片神奇的空间，在那里我感受到了很亲切的气息……”
碇源堂打断了真嗣的话：“那片空间是怎么样的呢？”
“嗯……就像是一片被阳光照亮的海洋。”真嗣回忆着当时的印象，这一点和TV版中表现出来的倒是差不多。
碇源堂若有所思：“你继续。”
“在光的海洋中，我看到了一个人影。虽然看不到她的脸，而且她的身上插满了各种管线，但我确定她就是妈妈。”
“什么？！”碇源堂没法淡定了，“你为什么确定？！”
“很难解释。”真嗣答道，“那就是一种感觉，它告诉我眼前的人影就是妈妈。”
“……”碇源堂沉默了。
真嗣仔细观察着碇源堂的表情变化，同时继续讲述：“而且她告诉了我关于E计划的事情——还有‘人类补完计划’。”
“呵呵呵。”碇源堂笑了出来，“这么说来NERV的秘密你都知道得差不多了——那你还来找我干嘛呢？”
真嗣摇摇头：“不，妈妈告诉我的计划里可没有绫波的存在。”
碇源堂眼中冒出精光，第一次认真审视着站在自己面前的少年。
“你有自己的计划，对吧？”真嗣也毫不畏缩地与碇源堂对视着。
两人的目光在空气中对峙，最终碇源堂选择了妥协：“让丽先出去吧。”
真嗣转身点点头，绫波乖巧地离开了办公室。
